загрузка...
Патологічна фізіологія / Оториноларингологія / Організація системи охорони здоров'я / Онкологія / Неврологія і нейрохірургія / Спадкові, генні хвороби / Шкірні та венеричні хвороби / Історія медицини / Інфекційні захворювання / Імунологія та алергологія / Гематологія / Валеологія / Інтенсивна терапія, анестезіологія та реанімація, перша допомога / Гігієна і санепідконтроль / Кардіологія / Ветеринарія / Вірусологія / Внутрішні хвороби / Акушерство і гінекологія
« Попередня Наступна »

Аналіз нуклеотиднихпослідовностей

Пошук гомологий в банках даних.

Пошук нуклеотиднихпослідовностей, гомологічних виявленим фрагментам ДНК, проводили за допомогою BLAST ® (Basic Local Alignment Search Tool) - набору комп'ютерних програм пошуку гомологий, розроблених для швидкого аналізу всіх доступних баз даних послідовностей, якими є Genbank , EMBL, DDBJ і PDB.

Даний сервіс доступний за веб-адресою http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/. При використанні програм залишали запропоновані їх розробниками параметри пошуку.

Критерії CpG-острівців.

При аналізі CpG-острівця використовують три основних критерії: розподіл CpG динуклеотид по нуклеотидної послідовності, GC склад і довжина послідовності. Для оцінки розподілу CpG динуклеотид обчислюється показник Н / Т за такою формулою:

H=n х N

T ~ NC х NG

де H - спостережуване число CpG динуклеотидів; T - теоретичне число CpG динуклеотидів; n - число CpG в послідовності; N - загальне число нуклеотидів в послідовності; NC - число залишків цитозину; NG - число залишків гуаніну. Для CpG острівців цей показник> 0.6. Характерною особливістю CpG острівців є так само підвищений GC склад, який визначається як частка цитозинових і гуанінових нуклеотидів у складі послідовності. Для CpG острівців даний показник перевищує 0.5. Довжина CpG-острівця коливається від 200 н.
трусы женские хлопок
П. до декількох тисяч, складаючи в середньому 1 т. н. п.

При аналізі нуклеотидноїпослідовності на наявність CpG-острівця використовувалася комп'ютерна програма передбачення CpG-острівців - WWWCPG program (http://l25.itba.mi.cnr.it/cgi-bin/wwwcpg . pl). У даній програмі використовувалися такі критерії CpG-острівців: довжина понад 200 п.н., GC склад> 0.5, показник Н / Т> 0.6 (Gardiner-Garden and Frommer 1987). Наявність повторів в послідовності ДНК визначали за допомогою комп'ютерної програми виявлення повторів REPEAT (http://l25.itba.mi.cnr.it/cgi-bin/wwwrepeat.pl).
« Попередня Наступна »
= Перейти до змісту підручника =
Інформація, релевантна " Аналіз нуклеотиднихпослідовностей "
  1. Пошук CpG-острівців, гіперметілірованних в пухлинах шийки матки
    Принцип методу метілчувствітельной ПЛР із статистичними GC-багатими праймерами. Завданням нашого дослідження було виявлення CpG-острівців, метильованих в пухлинах шийки матки. Для її вирішення ми використовували метод метілчувствітельной ПЛР із статистичними GC-багатими праймерами (СП-ПЛР) (Gonsalgo et al. 1997). Принцип методу полягає в наступному. ДНК з двох порівнюваних зразків (в
  2. Біологічно активні білки вірусу грипу. Активність транскриптази в клітинах і вирионах грипу
    Р. В. ОІМПСОН і В. Д. БІН ( RW SIMPSON, WJ BEAN, JR.) I. ВСТУП Ця глава «освячена досить новому розділу в біології вірусу грипу, у зв'язку з чим більша частина інформації фрагментарна по-своєму складу сі включає велике число невирішених питань. Основне твердження, на якому грунтується дана глава, полягає в тому, що мікоовіруси є вірусами з негативним геномом
  3. Рибонуклеїнові кислоти вірусів грипу
    М. В. Лонсі (М. W. PONS) I. ВСТУП Вірус грипу має унікальний в порівнянні з іншими вірусами тварин спектр біологічних властивостей. Він має здатність. до множинної реактивації (Hoyle, Liu, 1951), утворення неповних вірусних частинок (von Magnus, 1954), чутливий до антіноміціну D (Barry et al., 1962), його нуклеїнова кислота неінфекційні-і він має здатність до
  4. онкоген І неопластичними ЗАХВОРЮВАННЯ
    Поль Нейман (Paul Neiman) При розподілі ракові клітини передають дочірнім клітинам неопластичний фенотип . Але цієї причини отримало загальне поширення думка про те, що спадкування неопластичного фенотипу зумовлюється специфічними генами. Це припущення пояснює надзвичайний інтерес дослідників-онкологів до онкогенних вірусів. Незважаючи на порівняльну генетичну
  5. ОСНОВИ ПРОТИПУХЛИННОЇ ТЕРАПІЇ
    Вінсент Т. де Віта (Vincent Т. De Vita, JR.) Біологія пухлинного росту Основи протипухлинної терапії базуються на наших знаннях про біології пухлинного росту. Два десятиліття тому уявлення про те, що навіть невеликі за розмірами первинні ракові пухлини відривають життєздатні пухлинні клітини в систему циркуляції і ці клітини здатні рости так само, як і в первинній
  6. Т-лімфотропні ВІРУСИ ЛЮДИНИ
    Роберт К. Галло, Антонія з . Фаучи (Robert С. Gallo, Anthony S. Fauci) Біологія ретровірусів. Вперше ретровіруси були виділені від курчат на початку цього століття. Пізніше, в 50-х роках, від мишей, хворих на лейкоз, був виділений ретровірус ссавця. Нині вже добре відомо, що ці віруси пов'язані з виникненням у багатьох видів тварин як злоякісних, так і
  7. ВРОДЖЕНІ ПОРУШЕННЯ МЕТАБОЛІЗМУ (ОГЛЯД)
    Леон Нею Розенберг (Дущт У. Кщиутіукп ) Взаємодія генів і навколишнього середовища. Під поняттям «обмін речовин» розуміють усі процеси утворення (анаболізм) і руйнування (катаболізм) живої матерії. Вони починаються з самих ранніх хімічних реакцій, що призводять до утворення сперматозоїда і яйцеклітини, тривають в періоди запліднення, зростання, дозрівання і старіння і неминуче
  8. ЗАГАЛЬНІ ПРИНЦИПИ ОБСТЕЖЕННЯ ПАЦІЄНТІВ З нервово-м'язові захворювання
    Р. К. Гріггс, У. Г. Бредлі, Б. Т. Шаханов ( R. С. Griggs, W. С. Bradley, і. Т. Shahani) Нервово-м'язові захворювання - це порушення функції моторних (рухових) одиниць, а також чутливих (сенсорних) і вегетативних периферичних нервів. Кожна моторна одиниця представлена: 1) тілом клітини моторного нейрона, що локалізується або в передньому розі (для м'язів, що іннервуються з спинного
загрузка...

© medbib.in.ua - Медична Бібліотека
загрузка...